إنه في عهد الخديو إسماعيل حاكم مصر المستنير و الذي اتسم بالتسامح و الحرية و المساواة ، فالخديو إسماعيل هو أول حاكم فى التاريخ يمنح أعلى رتبة لرجل مسيحي فى ذلك العصر وقد أستحقها نوبار باشا . ولانه عصر تسامح و محبة ، فقد قام بعض الأقباط فى ذلك الوقت ببناء مساجد لأشقائهم المسلمين ، فقد انشأ مرقس بك يوسف فى عام 1865م مسجداً فى طنطا وأنشأ قلينى فهمى باشا مسجداً آخر وكنيسة بعزبته بالمنيا .
وقد شغل كثير من الأقباط في عصر الخديو اسماعيل مناصب عالية فقد عين من الأقباط واصف بك عزمي كبير التشريفاتية كما عين عبد الله بك سرور مديرًا للقليوبية، وأعيد تجنيد الأقباط بصورة منتظمة . كما قام بترشيح الأقباط لانتخابات أعضاء مجلس الشورى ثم بتعيين قضاة من الأقباط في المحاكم .
كما قام الخديو اسماعيل بدعم المدارس القبطية مالياً ، و تبرع الخديو بألف و خمسمائة (1500) فدان من أملاكه الخاصة لصالح المدارس القبطية تشجيعاً منه لهذه المدارس لما تنامى إلى علمه سعي هذه المدارس فى تعليم الطلاب و الطالبات العلوم و اللغات الأجنبية .وكان يلتحق بهذه المدارس مسلمين ومسيحيين والذين تخرجوا منها وصلوا إلى مراكز عالية حتى أن بعضهم تقلد منصب رئاسة الوزراء مثل بطرس غالى باشا وحسين باشا ورشدى يوسف بك وهبة وعبد الخالق ثروت باشا هذا غير الكثيرين من الوزراء والعيان والمستشارين . كما قام الخديو بترميم الكنائس والأديرة وعمل على نسخ الكتب الطقسية بها وبناء وتعمير الكنائس والأديرة .
و من المواقف التي لا ينساها أبناء مصر من الاقباط للخديو اسماعيل ، انه عند تنظيم شوارع مصر كان يقتضى أن يمر شارع كلوت بك بمقر البطرخانة القديمة لكى يصير مستقيماً ، فعرض الخديو إسماعيل على الأنبا ديمتريوس البطرك آنذاك أن تقوم الدولة ببناء بطريركية جديدة أكبر و دار للبطرك (مقر باباوى) و أفخم ولكن عند رفض الأنبا ديمتريوس هذا العرض قال الخديو “لتكن إرادة البطريرك و لتبق الكنيسة كما هى” و تم إلتفاف شارع كلوت بك من حول البطرخانة كما هو الحال اليوم منقوول
